一是培育企业创新平台。以企业为主体，坚持突出创新能力提升和研发成果转化两个重点，加快企业技术中心建设，切实增强企业承载重大项目的能力、创造自主知识产权的能力、集聚高层次人才的能力和创造财富的能力。截止目前，全市省级以上企业技术中心发展到54家，其中，国家级1家，市级企业技术中心发展到206家。全市省级以上技术中心企业与82个高等院校、73个科研单位建立长期合作关系，共建研发机构36个，共建企业技术中心30个，委托培养人才1298人。建立企业实践基地31个，合作项目总数233项，解决技术难题131项。

二是打造科技载体平台。围绕我市传统产业升级和新兴产业发展，重点打造特色产业基地和特争产业集。截止目前，菏泽生物医药特色产业基地、单县光伏光热特色产业基地、单县玻纤特色产业基地三家基地被评为国家火炬特色产业基地。东明县能源化工产业集群、曹县林木产业集群、开发区能源化工产业集群等6家产业集群被认定为省级产业集群。

三是建设公共创新平台。依托天津大学山东化工研究院、山东省鲁南药物研究院、菏泽农科院等科研院所及市县两级中小企业公共服务平台，加快研发攻克一批制约主要产业发展的技术瓶颈，加快提高其支撑产业发展的能力。2014年共开发新产品、新技术862项，投产率达到82%，其中，达到国内先进水平以上50项。