菏泽国家农业科技园区位于菏泽市主城区北部，涉及牡丹办事处、黄堽镇、吴店镇、小留镇、都司镇、安兴镇六个乡镇办事处，规划建设面积120余平方公里。园区2015年7月被山东省科技厅命名为省级农业科技园区，2015年12月被国家科技部批准建设国家农业科技园区。

    菏泽国家农业科技园区依托“中国牡丹之都”独特优势，坚持以科学发展观为指导，贯彻创新、 协调、 绿色、 开放、 共享的发展理念，以牡丹产业为主导，以产城深度融合为目标，按照“十百千万”发展规划，推动一二三产协调发展，“四化同步”，促进区域健康发展，为 “脱贫攻坚”、“中原经济区”、“西部经济隆起带”等区域发展和主体功能区战略提供产业和技术支撑。

    菏泽国家农业科技园区将以牡丹为主题，规划建设“文化旅游区、生产加工区、科研教育区、商贸物流区、健康养老区、苗木繁育区、标准种植区、居民生活区”八大功能区，打造集旅游观光、科技研发、产品深加工、商贸物流、健康养老和标准化种植等为一体的产业创新基地，使之成为将成为产业结构创新、体制创新、科技创新、市场创新的示范点和新的经济增长点，带动区域经济发展。